Desde hace tiempo habia buscado como dar formato a una memoria usb, y tenia que utilizar el gparted lo cual era bastante incomodo 
, pero ahora he encontrado una solución desde la siempre buena terminal 
estos son los pasos:
1- conectar la memoria y escribir en una teminal
sudo fdisk -l
esta nos dara el nombre del dispositivo que queremos formatear, por ejemplo /dev/sda
Disco /dev/sda: 2007 MB, 2007499264 bytes
29 cabezas, 28 sectores/pista, 4828 cilindros
Unidades = cilindros de 812 * 512 = 415744 bytes
desmontamos la memoria manualmente, sin desconectarla del ordenador
sudo umount /dev/sda
2- instalar las aplicaciones necesarias:
sudo apt-get install dosfstools
3- ahora ya que desmontamos la unidad manualmente y tenemos el dosfstools
sudo mkdosft -c /dev/sda
Esto solo revisa el estado de la memoria, si no da ningún error ponle control + c y ve al paso siguiente
4- Procedemos a darle formato, en fat16
sudo mkdosfs -l /dev/sda
5- por ultimo solo tenemos que volver a montarla
sudo mount -t auto /dev/sda /media/disk
al pareces todo esto es bastante sencillo, mi memoria quedo completamente limpia y ya no es necesario usar gparted ni nada por el estilo
Recuerda que en mi caso el dispositivo de mi memoria es /dev/sda, fijate bien cual es el de la tuya y remplazarla en las instrucciones
